Trước đây trên One M8 mặc định có chức năng Themes nhưng nó chỉ đổi được hình nền, còn trên M9 thì nó đã được nâng cấp mạnh, cho phép chúng ta có thể đổi toàn bộ theme của máy bao gồm cả icon, tông màu, font chữ, hình nền và nhạc chuông. Trong menu Themes của M9 có rất nhiều các nội dung như thế và bạn cần phải tải về chứ không phải là có sẵn. Nó giống như là một cái kho Theme online mà HTC đã chuẩn bị từ trước để dành cho M9. Ngoài ra M9 còn tùy biến được 3 phím ảo ở dưới màn hình, có thể thêm bớt các nút chức năng khác nhau ví dụ như phím tắt/khóa màn hình nhanh, mở thông báo, khóa xoay màn hình...Đổi Theme
Trong menu Themes của One M9 có các mục Color (tông màu chủ đạo của máy), Theme (đổi giao diện, đổi cả icon, hình nền, font chữ), Wallpapers (chỉ đổi hình nền), Icons (chỉ đổi biểu tượng của app), Fonts và Sound (nhạc chuông). Hiện tại kho Themes của M9 cũng khá phong phú và nhiều hơn trên M8 cũ. Mỗi khi bấm vào theme nào bạn sẽ thấy được hình minh họa của theme đó, thông tin chi tiết và nút để tải về, tương tự như kho ứng dụng Play Store. Phải nói đây là một cải tiến rất đáng khen của HTC so với chức năng Theme cũ trước đây. Chúng ta mua máy về có thể vào đây chọn cho mình một theme ưng ý mà không cần phải cài thêm bất cứ một Launcher hay ứng dụng theme nào nữa.Thêm/bớt phím ảo trên màn hình
Đây cũng là một tính năng mới mà các máy M7 và M8 trước đây không có. Ngoài các phím Back, Home và Recent ra bạn có thể thêm được nhiều phím chức năng khác (tối đa tổng cộng 4 phím) và sắp xếp lại vị trí của từng phím. Hoặc cũng có thể xóa bớt các phím ít khi dùng. Trong đó có hai phím mình thấy rất tiện lợi đó là tắt màn hình và hiện thông báo Notification bởi vì chúng ta dùng hai cái này rất nhiều. Trong lúc sử dụng chỉ cần giơ ngón cái xuống bấm một phát là máy sẽ tắt màn hình ngay hoặc là hiện thông báo ra, không cần phải với ngón tay lên để kéo xuống hay giơ ngón tay qua cạnh bên để bấm tắt.