Nhận định về sự bất thường của dòng sông, Th.S Nguyễn Hữu Thiện, chuyên gia về sinh thái ĐBSCL, cho hay: Hoạt động tích nước mùa lũ, xả ra để phát điện trong mùa khô của các đập thủy điện Mê Kông có thể giúp giảm hạn mặn ven biển ĐBSCL trong những năm bình thường. Xét riêng về hạn mặn thì đây có thể tạm xem là tác động “tích cực”. Nhưng hệ quả lâu dài thì khó lường. Trước đây trong điều kiện tự nhiên, lượng nước sông Mê Kông phân bố 80% trong mùa mưa và 20% trong mùa khô. Nhờ vậy ĐBSCL có hai mùa rõ rệt, mùa nước nổi và mùa khô. Cũng nhờ đó mà trong mùa nước nổi, dòng chảy từ trên đủ mạnh để tải phù sa, bùn cát về bồi đắp tạo nên ĐBSCL trong hơn 6.000 năm qua. Nay thủy điện làm thay đổi tỷ lệ phân bố này, giả sử thành tỷ lệ 60% trong mùa lũ và 40% trong mùa khô. Tuy mùa khô thì ít hạn mặn, nhưng dòng sông mùa lũ không còn đủ mạnh để tải bùn, cát về nữa. Thiếu bùn cát về mỗi năm, đất đai ĐBSCL sẽ bạc màu nhanh chóng, sạt lở bờ sông, bờ biển sẽ gia tăng theo thời gian. Đây mới là mối lo lâu dài.