Do khoảng cách tiếp cận quá gần, cộng với việc tàu vũ trụ cần phải tập trung thu thập dữ liệu trong khoảng thời gian ngắn ngủi di chuyển trong hệ thống của sao Diêm Vương, toàn bộ các chuyển động của nó đều được lập trình sẵn cho phép nó tự bay qua những điểm định trước. Tuy nhiên, trong quá trình đó có thể tàu sẽ va phải những mảnh vỡ và bị phá hủy. Mặc dù tỷ lệ là rất nhỏ, nhưng các nhà nghiên cứu đã phải chờ đợi trong lo lắng trong suốt 13 giờ và cho tới khi quá trình tiếp cận hoàn tất thì cả tung tâm điều khiển mới nhẹ nhõm.