Một tính năng của iPhone bị rò rỉ từ khá lâu là bảo mật bằng dấu vân tay cuối cùng cũng được hãng giới thiệu chính thức trong tối nay. Apple gọi nó là Touch ID, tính năng này là một lớp phần cứng được tích hợp ngay bên dưới nút Home với độ mỏng chỉ có 170 micron (0,17 mm), độ nhạy 500 ppi và có thể quét được tới các lớp bên dưới lớp biểu bì của ngón tay chúng ta. Với Touch ID thì bạn không cần phải nhập Passcode để mở máy hay nhập mật khẩu để tải ứng dụng nữa, bạn chỉ cần lướt nhẹ ngón tay lên nút Home thì máy sẽ tự động xác nhận danh tính của bạn ngay lập tức. iPhone 5S là chiếc điện thoại duy nhất của Apple được tích hợp chức năng này.
Với sự có mặt của Touch ID thì mức độ bảo mật của iOS đã tăng thêm một bậc, giờ đây bạn không còn sợ người khác có thể dùng máy mà không được sự đồng ý của mình nữa. Nút Home mới có thể đọc được dấu vân tay của chúng ta theo bất kỳ hướng nào và bề mặt của phím thì được làm bằng Sapphire để chống trầy. Apple nói Touch ID có thể nhận dạng nhiều dấu vân tay khác nhau. Các mẫu vân tay này được mã hóa và cất giữ bên trong một khu vực riêng được bảo mật trên con chip A7, máy sẽ không chia sẻ vân tay đó cho các ứng dụng khác ngoài hệ thống, không upload lên máy chủ Apple cũng như không đưa nó lên iCloud.